Jaak Vilo - 
BGMR.10.005 Bioinformatika II 2 AP
Jaak Vilo
Ajakava:
- K. 11. veebruar kl 14:15 Seminari avakogunemine ja teemade jagamine
- Iga osalejaga personaalne konsultatsioon.
- K. 3. märts kl 16:15 Uurimisprojektide kavade esitamine
(kirjalik ülesandepüstitus, viidetega!)
- K. 21. aprill (kell 14.15) : Esimene raport hindamisele
- K 28. aprill enne 12.00 tuleb saata PDF kõikidele seminaris osalejatele.
- K 5. mai - hindamise tähtaeg
- K 12. mai - lõpliku (viimistletud) versiooni esitamise tähtaeg
- K 19. mai - "Konverents" suuliste ettekannetega á 1tund.
NB! Kindlasti tuleks teha isiklik ajakava ja jälgida selles püsimist.
Samuti tuleks mõõta töö tegemiseks eri etappidel kulutatud aega!
Seminari eesmärk on praktiseerida iseseisvat bioinformaatika
meetodite uurimist ja referaadi koostamist teadusartiklite põhjal.
Töö käigus on oluline iseseisev uurimuslik töö - otsida artikleid,
materjale, tutvuda olemasolevate meetoditega, ning koostada selle baasil
ülevaade. Referaat-artiklis peab olema selgelt sõnastatud probleem,
põhjendatud selle olulisus ja näidatud rakendused. Põhirõhk on
korrektselt ja arusaadavalt esitatud lahendusmeetodite kuirjeldusel, muu
hulgas tuleb täheleapanu pöörata algoritmide esitusel.
Osalejad: Bioinformaatika II uurimisseminar on mõeldud kõigile
bioinformaatikale spetsialiseeruvatele põhiõppe, magistriõppe ja
doktorantuuri tudengitele.
Eelteadmised Seoses interdistsiplianaarsusega pole formaalsed
eelteadmised vajalikud - igaüks leiab endale sobiva keerukusega
ülesande. Siiski on kasulik omada eeltadmisi Bioinformaatika I mahus.
Seminaris [Bioinf_II_04] osalejad ja uurimis-teemad
- Meelis Olev
- [P01] T-Coffee
- Hedi Peterson
- [P02] Fülogeneetiline jalajälg
- Kärt Denks
- [P03] PCR Multipleks probleemid
- Kristjan Välk
- [P04] Geeniekspressiooni andmete algtöötlus
(normaliseerimine jne) Vt. Bioconductor jt.
- Vladimir Vimberg
- [P05] Translatsiooni alguse anatoomia.
- Ants Aader
- [P06] (teema veel lahtine - ekspressioon?)
Seminari formaat
Seminar kasutab analoogset formaati kui sügisel 2003 toimunud andmekaevanduse uurimisseminar. St,
valitakse teema, uuritakse seda iseseisvalt, koostatakse uurimiskava ja
esitatakse see lühiettekandena, sooritatakse uusimistöö ja kirjutatakse
raport, raportit hindavad kaasüliõpilased, saadud kommentaaride alusel
viiakse sisse parandused lõppraportisse ning "avaldatakse" need
toimetistena. Seminari lõpus toimub "konverents" mille käigus
tutvustatakse kõiki sooritatud uurimistöid.
Koht: Riia mnt. 23 - 314
Uurimiskava koostamine on kõige olulisem osa projektist -
selle käigus otsitakse algmaterjal, tehakse otsus millest teha referaat,
pannakse kokku töö sisukorra ja eesmärkide visand ja pannakse
kokku realistlik ajakava.
Hindamine: Hindamise aluseks on:
- 20% Ülesandepüstitus (kirjalik, paberil, viidetega!)
- 40% Tehtud töö sisuline kvaliteet - keerukus, arusaamine jne.
- 20% Tehtud töö vormistus ja keel
- 10% Teiste tööde hindamine
- 10% Suuline ettekanne
- Ettenähtud tähtaja ületamine kahandab punkte: iga ületatud päev kahandab
vastavat maksimaalset punktisummat 20%.
Teemasid:
Abimaterjalid, programmid, andmestikud jne
Multiple Alignment: ClustalW
- Milline on multiple alignment probleem?
- Milline on hinnangufunktsioon mida minimeeritakse?
- Kas sellele on optimaalset lahendust kiire ajaga?
- Milline on algoritm/heuristika?
- Tee läbi praktiline näide kasutades Bioperl vmt.
sisemist rajapinda ClustalW kasutamiseks.
- Vt. ka Mitme järjestuse võrdlemine
Multiple Alignment: T-Coffee
- Vt. ClustalW
- Millised on omapärad, keskendu neile
Multiple Alignment: Di-Align
- Vt. ClustalW
- Millised on omapärad, keskendu neile
Local Multiple Alignment methods
- Vt. ClustalW
- Millised on omapärad, keskendu neile
Phylogenetic footprinting
Alteratiiv-splaissing - bioinformaatiline sissejuhatus
- Millised andmebaasid?
- Milline info kogutud?
- Milliseid arvutuslikke meetode kasutatud?
- ASD etc.
Micro-RNA - bioinformaatiline sissejuhatus
- Sissejuhatus miRNA probleemistikku - definitsioonid, hüpoteesid jne.
- Bioinformaatilised meetodid mida läheb vaja nende uurimiseks
- See on uus, käivituv suund - tuleb uurida mida ja milleks...
Geeniekspressiooni microarray andmete normaliseerimine
- Visualiseerimine: R-I plot, Volcano plot, 'layout-pseudocoloring' jne.
- Lowess jt. meetodid süstemaatilise müra elimineermiseks
- Bioconductor pakett andmete töötlemiseks
- Teha praktikas ka näited läbi päris andmetega.
Geeniekspressiooni modulaarne organisatsioon
Geeniekspressiooni klasterdus: CLICK
- Kirjelda algoritmi CLICK
- # CLICK and EXPANDER: A System for Clustering and Visualizing Gene Expression Data. Sharan, R. , Maron-Katz, A. and Shamir, R. Gene Expression Data. Bioinformatics Vol. 19 No. 14 pp. 1787-1799 (2003)
- # CLICK: A Clustering Algorithm with Applications to Gene Expression Analysis. Shamir, R. and Sharan, R. Proceedings ISMB 2000, pp. 307-316 (2000)
- programmid, publikatsioonid - koduleht
- Katseta ka praktikas.
Geeniontoloogia assotsiatsioonide kasutamine klastrite annoteerimisel
- Kuidas kasutada GO kategooriaid ja geenide assotsiatsioone
suurte geeniklastrite annoteerimiseks?
- Milliseid statistilisi meetode on kasutatud, millised
algoritmilised probleemid tekivad?
- FatiGO, EP:GO jt. tööriistade baasil
- www.geneontology.org
Jaak Vilo,