Bioinformaatika seminar (3AP)
Bioinformatics Seminar (3AP)
Jaak Vilo

(NB! See on veel poolik annotatsioon ja info... Hoidke silm peal!) 
Hindamine:  Hinne
Loenguid:	4
Praktikume:	0
Seminare:	12
Kohustuslik: kirjalik referaat, suuline ettekanne

Annotatsioon

Käesolev seminar on mõeldud bioinformaatika (ja andmekaevanduse) teemade käsitlemiseks. Bioinformaatika tegeleb molekulaarbioloogia eri andmetüüpide analüüsiga ning sageli on kasutusel andmekaevanduse eri meetodid. Osalejatelt eeldatakse olulisel määral iseseisvat tööd teaduskirjandusega andmekaevanduse aspektide väljaselgitamisel. Seminari käigus tuleb igal osalejal koostada põhjalik referaat valitud teemal ning see seminari vormis ette kanda.

Annotation

In the Bioinformatics Seminar we will study bioinformatics applications and Data Mining methods for solving these. Seminar requires independent work with scientific literature and preparation of a substantial essay about the chosen Bioinformatics-related topic. Each student will also have to present their work in detail during the seminar.

Eesmärk: Seminari eesmärk on praktiseerida iseseisvat teaduslike artiklite uurimist ning referaadi kirjutamist ja suulist ettekandmist. Temaatika on seotud bioinformaatika andmete analüüsiga näiteks andmekaevanduse, masinõppimise, jne. meetoditega.

The Goal: The goal is to study recent scientific literature about bioinformatics and data mining methods in bioinformatics. Participants need to write a paper, evaluate other students works, and present their findings orally. Thus the goal is to practice scientific writing ans presentation skills.

Praktiline korraldus - kes pääsevad osalema?

Maksimaalselt 15 inimest võetakse seminari (rohkem ei mahu) Osalejate loetelu otsustab seminari korraldaja Jaak Vilo. Osalemise soovist märku andmiseks tuleb saata e-mail Jaak Vilo aadressile Kirjas tuleks põhjendada oma soovi osaleda just sellel seminaril.

Osalejate valikuks lähtume järgmistest kriteeriumidest -

Eesmärgid:

  1. Õppida iseseivalt kirjandusega töötama ja nii kogutud infot süstematiseerime
  2. Õppida kirjutama teaduslike tekstide ülevaateid
  3. Õppida andmekaevanduse aluseid
  4. Arendada iseseisvat ülesandepüstituse esitust ja vastuste otsimist
  5. Tekitada ülevaateartiklite kogum andmekaevandusest
  6. Eskperimenteerida iseseisval tööl ja seminaril põhineva õppemeetodiga

Esmane seminari ajakava

Seminari ajad -

xx yy

2. 30.9 kontakt e-mailiga pluss konsultatiiv-seminar

Iga osaleja poolt tagasiside meili teel J. Vilole -

oma teema lühisissejuhatus
peamise lähtematerjali loetelu-tutvustus. Sisukord ja kava mis sinna kirjutada Küsimused ja probleemid voiks olla enda jaoks juba sonastatud

Osa referaadist peab olema meetodi(te) lihtne kirjeldus Selle tutorial-tüüpi materjali kohta peaks olema juba materjal koos

Artiklisse tuleks sisse tuua ka 1-2 rakendust kus just antud meetod on hiljutistes publikatsioonides osutunud kasulikuks, st kus on mingi praktiline tulemus

3. Kogunemine

Vahekokkuvõte
Artikli vormistamise küsimused
KUIDAS KIRJUTADA - loeng?

Osalejatelt oodatakse: 

      Sisukorra ja astrakti mustandit, kirjatöö tervikust ca 2/3 ulatuses valmis
      Igaüks saab ca 5 minutit 1-2 kile pealt oma teema tutvustamiseks

5. 28.10 Artiklid hindamisele kaastudengitele

NB! Uus tähtaeg: 4.11 Artiklid hindamisele kaastudengitele

Artiklite esimene versioon peab olema valmis ja vormistatud (10-15 lk)

Artiklid edastatakse refereerimiseks 3-le hindajale

(kas anonüümsus on vajalik?)

Loeng hindamiskriteeriumide kohta ja kuidas retsenseerida Soovitused kirjutajale kuidas paremaks teha.

Hindamine sooritatakse üle (anonüümse) veebi-formi

Hindamiseks aega 2 nädalat!

6. 18.11. Hindamistulemuste kokkukogumine, laialijagamine

Korjatakse kokku iga artikli kohta käivad retsensioonid ja hinnangud. Hinnangud ja kommentaarid edastatakse autorile

Autor peab viima sisse muudatused ja parandused Samuti jälgima et soovitused on sisse viidud teksti

Muudatuste sisse viimiseks ja lõpliku versiooni valmimiseks on aega 2 nädalat.

7. 2.12 Lõplike versioonide valmis saamise tähtaeg!

Lõplikud versioonid edastatakse elektrooniliselt köitmisele

Kõik tööd tuleb esitada

Kogu töö peab olema ühes kataloogis milles on ka väike shelli skript tar czvf DM_nr_perekonnanimi.tgz DM_nr_perekonnanim

Organiseerijatele aega ca 1-2 nädalat toimetamiseks

Selle aja jooksul tulerb teha korralik loengu-esitus slaididega Hiljem kõik slaidid ka avalikult veebi...

8. 18.-19. detsember -- Konverents!

(alternatiiv oleks 4-5. detsember?)

"Konverents"

Sissejuhatus

Data Mining Bioinformaatikas

Data Mining Meditsiini-informaatikas

Referaatide hindamine

Hindamisele ja esitamisele kuuluvate artiklite numbrid/koodid ja autorid. Klikkides pääseb vastavale hindamise vormile! Taga on link vastava autori enda koduleheküljele kus referaat on ning PXX on viit siin serveril olevale koopiale. Enne hindamist soovitan läbi lugeda Ian Parberry juhendi teoreetilise arvutiteaduse hindamisest.

Esimese versiooni vormistus

Esimene artikli versioon 4.11. läheb hindamisele teiste tudengitele. Tihti nõutakse, et ajakirjale saadetud versioon peab olema hindamiseks kirjutatud kahekordse reavahega et jääks piisavalt ruumi kommentaaride jaoks.

Kommentaarid kogume aga kokku elektrooniliselt ja nii võib olla praegu täiesti piisavm, et kasutate tavalist kirja - 11 või 12pt suuruset. Kas ühes või kahes veerus, see on igaühe enda otsustada. Lehekülje suurus peaks olema A4.

4.11. valmis olev versioon tuleb kohale tuua ühes eksemplaris paberil ning lisaks tuleb Jaak Vilole saata PDF ning kasutatud kirjanduse artiklite elektroonilised versioonid nii palju kui neid on olemas.

Kõige parem oleks kui saaksite oma kodulehele panna välja kataloogi kus oleks PDF ning kasutatud artiklid elektrooniliselt. Siis saaksin need teha kättesaadavaks a) linkides käesolevalt lehelt ja b) vajadusel tõmmata alla failid, et kõik materjalid saaksid üheks tervikuks kokku.