Jaak Vilo - TÜ ATI vanemteadur,

Programmeerimise projekti ülesandepüstitused (2006 kevad)
Tellija: Jaak Vilo ja BIIT-rühm (wiki)

1. Artiklite baas
Olulise (teadusliku)kirjanduse andmebaas koos kommenteerimise, relevantsuse määramise, personaliseerimise, päringute jne omadustega.
2. Super-URLMAP
Objektide hulkade ning hulgateisenduste põhine veebi-infosüsteemide integreerimine.

1. Artiklite baas

Projekti eesmärk: Töötada välja keskkond töögrupi siseseks dokumentide (artiklite) haldamiseks, kommenteerimiseks, otsimiseks jne. Täpne ülesanne sõnastatakse vastavalt täitja ja tellija ühiselt määratletavale skoobile.

Töö taust

Innovatsiooni aluseks on info kogumine ja analüüs. Infot on aga palju, eriti teadus- ja õppekirjandust.

Teadusrühma sees on vaja hallata olulisemate ja huvitavamate artiklite andmebaasi, kuhu saaks:

Sellise infosüsteemi edasiarendamise võimalused on üsna piiramatud. Eesmärk on luua esmane alus edasisesle arendusele ja teha praktikas lihtsasti kasutatav töövahend mida eri teadusgrupid saaksid hakata juba kasutama.

2. Super-URLMAP

Projekti eesmärk: Töötada välja hulkade põhise linkimise metoodika ja realiseerida veebikeskkond mis võimaldab seadistada linke üle veebi, hallata objektidele tehtavaid teisendusi, hallata linkide ja teisenduste ajalugu, vaadata statistikat jne. vastavalt täitja ja tellija ühiselt määratletavale skoobile.

Projekti käigus kogunevad ideed on soovitav samuti kirja panna ja sõnastada ülesandepüstituseks näiteks baka- või magistritööde jaoks.

Projekti on kaudselt seotud EU Network of Excellence võrgustikuga ENFIN (peagi avaneb veebisait www.enfin.org). Tellija sooviks näha rühma koostööd vastavate standardite ja vahendite välja tööptajatega Euroopa Bioinformaatika Instituudis www.ebi.ac.uk, kuid see ei ole kohustus.

Töö taust

URL ja URI on oma olemuselt üldiselt viidad ühele konkreetsele objektile.

Sageli on reaalse töö käigus aga vaja uurida korraga objektide kogumikku. Näiteks bioinformaatikas kus tegeletakse geenide analüüsiga on sageli vaja uurida mitte iga geeni või valku eraldi, vaid vaja on uurida korraga mitmeid geene mis on omavahel mingis seoses. Sageli on just selle geenigrupi sisemise seose tuvastamine kasutuse eesmärgiks.

Lihtne on viidata anbdmebaasile või konkreetsele päringusüsteemile üheainsa objekti ID tasemel (vaadata ühe geeni kirjeldust). Kuid mida teha siis kui on soov kasutada mitut erinevat (veebi)infosüsteemi, igaüks erineva kasutajaliidesega, kuhu tuleb vastavaid ID-sid copy-paste abil kopeerida. Ja vahepeal võibolla teha isegi teisendusi ID-de vahel?

Super-URLMAP aitab kasutajal nendes toimingutes, ehk aitab liita kokku erinevad veebipõhised andmebaasid, päringusüsteemid ja tööriistad.

Näidiskasutus:

Kasutaja alustab uuringut 10 geeniga (näiteks geenid mis võiskid olla seotud suhkruhaigusega). Esiteks teeb ta ühte andmebaasi päringu mille eesmärk on selgitada välja kõik nende 10-st geenist toodetud valgu võimalikud interaktsiooni-partnerid. Järgmiseks teeb päringu teise andmebaasi, kust saab kõikide esialgsete geenidega ja nende paarilistega mingil muul moel sarnased geenid kätte. Nüüd edastab kasutaja kogu kogutud info järgmisele rakendusele, mis ütleb omakorda midagi mõistlikku selle kohta, millised haigused võiksid nende geenide vigadega olla seotud ja milliseid ravimeid neile haigustele on juba praegu turul olemas...

Alternatiiv: töötan suurfirmas X. Tahan korraldada oma sõprade Mari, Jüri ja Antsu ning nende kõikide sõpradega (kes töötavad sama firma X eri osakondades ja kellest enamusi ma ei tunnegi) teha ühine pidu. Sõprade andmebaasist (orkut.com, smallworld.com) jne teen päringu millega tuvastatakse kõikide minu sõprade sõprade hulk. Järgmiseks kasutan firma X ajaplaneerimise süsteemi, et tuvastada millal on minu sõbrad ja kõige suurem osa nende sõpru korraga Eestis. Selleks teen päringu infosüsteemi mis tagastab kõikide isikute ajakava. Edasi saadan need ajakavad oma kavalale optimeerimisrakendusele, mis ütleb mis kuupäeval kes isikjud kõik korraga kohal on. Järgmiseks tahan saata kõigile neile isikutele kutse, selleks eelnevalt ametlikud nimed aliasteks teisendades. Kogu selle tegevuse vältel ei taha ma andmebaasidest nimesid copy-paste abil ühest aknast teise kpopeerida vaid mul on vaja kekset SUPER-URLMAP vidinat, mis suudaks hallata vastavaid objektide ID-de hulki, nende abil eri infosüsteeme välja kutsuda, tulemused kokku koguda, töödelda ja järgmisele infosüsteemile edastada.

URLMAP - tööriist mis toetab GET ja POST meetodeid, objektide teisendusi, linkimist ühe- ja paljukaupa. (Jaak Vilo, 2000, 2002). Katsetamiseks testinge neid linke: